Theo sử gia Phạm Văn Sơn: Đến 4 giờ sáng hôm sau, tức ngày 16 tháng giêng, các chiến hạm của Phú Xuân đều ra tro, thuyền lớn thuyền nhỏ đến quá trưa mới tắt lửa. Tính ra quân Nguyễn chết mất 4.000, trong số đó có tướng Võ Di Nguy, ba anh em Thư Ngọc Hầu... Quân Tây Sơn thiệt hại rất lớn. Theo sử nhà Nguyễn thì Tây Sơn mất tới 20 ngàn lính và hầu hết cả hải đội hùng mạnh: thuyền buồm các loại bị mất 1.800 chiếc, 600 khẩu đại bác đủ cỡ và nhiều quân nhu, vũ khí, vàng bạc của binh tướng Tây Sơn rơi xuống đáy biển hết.[14]